A Apae de São Paulo foi agraciada com o prêmio Rainha Sofia de Prevenção à Deficiência 2006, na categoria Ibero-Americana, pelo trabalho desenvolvido junto ao Programa Nacional de Triagem Neonatal, conhecido popularmente como Teste do Pezinho. Desde 1976, quando o programa foi iniciado, a Apae de São Paulo já realizou o exame em mais de 12 milhões de recém-nascidos. O prêmio Rainha Sofia foi criado em 2001 e é uma condecoração do Conselho do Real Patronato sobre Deficiência do Ministério do Trabalho e Assuntos Sociais da Espanha. Essa é a primeira vez que um trabalho brasileiro é agraciado.
