A entidade beneficente que possui filiais está obrigada a conquistar Certificação de Utilidade Pública de cada unidade se quiser ficar isenta ao pagamento de tributos?

Depende. Se as filiais estiverem radicadas no mesmo município ou estado, não há necessidade, pois quem deverá conquistar o reconhecimento é a matriz, ora mantenedora, cujos efeitos da certificação abrangerão a filial. Caso contrário, haverá necessidade do reconhecimento de cada filial, para poder ficar imune dos tributos estaduais e municipais. Quanto à Declaração de Utilidade Federal, somente a matriz poderá obter e os seus efeitos abarcarão todas as filiais.