Minha instituição possui termo de parceria com o Poder Público e a Municipalidade sustenta que não é possível custos indiretos necessários à execução do objeto. Há alguma forma de argumentar contrariamente a tal posição?

Caro leitor, obrigado pela pergunta. A resposta é positiva. O artigo 46 da Lei 13.019/14 prevê exatamente esta possibilidade dentre aquelas em que o Poder Público pode assumir o pagamento com seus próprios recursos vinculados à parceria.
Inclusive o rol trazido no artigo não é exaustivo, podendo haver o enquadramento de outras despesas, desde que previstas no instrumento. Daí a importância de um acompanhamento adequado e técnico desta relação jurídica com o Poder Público, desde a celebração do instrumento contratual, passando pela execução e ultimando com a prestação perante o Tribunal de Contas.