Tendo em vista que o COMAS não mais certificará as entidades da área da saúde, como devem proceder ou em que órgão municipal devem se cadastrar as entidades filantrópicas de saúde.

Com a publicação da lei nº 12.101/2009 e do decreto nº 7.237/2010, não há mais necessidade de cadastramento junto a um algum órgão municipal para fins de certificação. Especificamente em relação às entidades de assistência social da área da saúde, o artigo 54 da portaria 1.970/2011, do Ministério da Saúde, prevê que a supervisão quanto ao cumprimento das condições que ensejam a certificação ficará a cargo do Ministério da Saúde, podendo a qualquer tempo determinar a apresentação de documentos, assim como a realização de auditorias e diligências.