A entidade beneficente que possui imunidade/isenção de tributos durante anos, pode ser transformada numa sociedade por cotas de responsabilidade limitada, visando auferir lucro?

Não, pois a partir do momento que se utilizou do recurso público derivado do não pagamento de tributos, ela passa a ter compromisso com o erário, ou seja, ela deixa de ser uma instituição eminentemente privada, e transforma-se numa instituição privada com interesse público. E na hipótese de encerramento de suas atividades sociais, terá que reverter todo o patrimônio para uma instituição congênere, sob pena de caracterizar um enriquecimento sem causa, com flagrante lesão ao fisco. Desta forma, não poderá simplesmente fracionar o capital da instituição em favor dos associados por meio de cotas societárias, através da transformação da entidade beneficente em uma sociedade limitada.