Como o Supremo Tribunal Federal (STF) está julgando a constitucionalidade da inclusão do ICMS na base de cálculo da Cofins, por analogia surgiu a discussão a respeito da inclusão do Imposto Sobre Serviços de Qualquer Natureza (ISSQ), tributo municipal, na base de cálculo do PIS e da Cofins. Segundo cálculo do Instituto Brasileiro de Planejamento Tributário (IBPT), se a nova tese for aceita na Justiça e todos os contribuintes de ISS apelarem ao Judiciário e saírem vitoriosos, o governo federal terá de devolver até R$ 1,74 bilhão.