Marta Suplicy instituiu, em 24 de outubro de 2003, o Decreto n.º 44.031 que regulamenta o Fundo Municipal de Saúde. O FMS é o órgão responsável pelo gerenciamento dos recursos financeiros destinados a implantação, consolidação e manutenção do Sistema Único de Saúde - SUS no Município de São Paulo.
O decreto delega competência exclusiva ao SMS para a celebração e a gestão de convênios, contratos ou quaisquer outros ajustes que envolvam recursos destinados ao Fundo Municipal de Saúde.
