As cooperativas têm obtido grande respaldo da Justiça para isenção de receitas devidas ao governo, principalmente as contribuições sociais. A Contribuição para o Financiamento da Seguridade Social (Cofins) é um dos tributos que se encontra em discussão no momento. O Sindicato das Cooperativas do Estado de São Paulo obteve sentença que assegura a isenção para as cerca de três mil cooperativas do Estado. Para aquelas que ainda não entraram na Justiça é possível questionar o recolhimento na fonte de Cofins, PIS e CSLL, nos termos da lei nº 10.833/03.